Em 1991, um grupo de mergulhadores e pessoas interessadas, decidiram dar continuidade as pesquisas e histórias dos cerca de 30 naufrágios conhecidos na região do Litoral Norte do estado de São Paulo. Assim nasceu a Fundação Mar – Fundação Museu de História, Pesquisa e Arqueologia do Mar, uma entidade privada e sem fins lucrativos, e que possibilita a difusão de conhecimento sobre a história marítima e vida marinha local, para toda a população, construindo seu acervo a partir de doações de peças e bens relevantes.

​Seu estatuto foi registrado em 15 de setembro de 1992, época da ECO-92, e seus capítulos basearam-se nesse encontro mundial, onde foram discutidas questões culturais e históricas, como a vida no planeta Terra, além de propostas para sua preservação. Em 1993 a Fundação foi declarada como Utilidade Pública Municipal, e em 2000, como Utilidade Pública Estadual. 

Sediada em São Sebastião, Litoral Norte do estado de São Paulo, e reforçando os atrativos turísticos da região, a Fundação tem como parte de seu histórico o desenvolvimento de projetos relacionados à educação ambiental; preservação do meio ambiente; estudos de animais marinhos; e recuperação das documentações históricas e do patrimônio arqueológico da região, em terra e no mar.