O Setor de Naufrágios do Museu conta com histórico, fotos e um valioso acervo de objetos (cristais, porcelanas, faianças, talheres de prata e artefatos de bronze, datados do século XIX até meados deste século), provenientes dos naufrágios ocorridos nesta região. Grande parte de nossa história se esconde por trás destes naufrágios, que constituem testemunhos arqueológicos fundamentais para o correto entendimento de nossa realidade histórica e social. Nossa cidade tem como cenário o mar do canal entre Ilhabela e o continente e a Mata Atlântica, que representa 70% da área do município. Nossos programas de trabalho, visam colocar em prática temas teóricos abordados em salas de aula por diversas disciplinas. Sem dúvida nenhuma nada melhor do que a Mata Atlântica e uma cidade histórica para fazer dos alunos indivíduos conscientes da importância da preservação do meio ambiente e da própria história do país. Nesses lugares, os alunos visitarão o centro histórico de São Sebastião, com mais de 400 anos, casarões e fazenda do período colonial, fortificações de defesa contra os ataques dos corsários e piratas, igrejas, museus, sítio arqueológico e muito mais. Dentro das atividades no centro de Educação Ambiental da fundação na Praia Grande em São Sebastião, os alunos terão contato com espécies da fauna marinha da região, desenvolvendo atividades práticas na praia e trilhas na Mata Atlântica guiadas sempre por monitores capacitados para dar informações pertinentes as atividades realizadas.